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PLATEFORMES

Label IBISA

Plateforme de Criblage pour des Molécules Bio-Actives

CMBA Mise à jour le 20/12/2021


Responsable

Marie-Odile Fauvarque; Caroline Barette (HTS); Emmanuelle Soleilhac (HCS)

Thématique principale

Plateforme de Criblage, HTS, HCS, Cancer, Inflammation,  Infectiologie, Signalisation cellulaire, Autophagie, Microtubules, Ubiquitine, Ubiquitin Specific Proteases (USP)

Techniques spécifiques

Cribles in cellulo (HTS)
Cribles in vitro (HTS)
Cribles phénotypiques par microscopie automatisée (HCS)

Systemes de détection

Lecteurs microplaques absorbance, luminescence, fluorescence (polarisation, HTRF); microscopes automatisés pour HCS/HCA (CellInsight CX7 LED, Incucyte Zoom 2016)

Equipements particuliers

Plateforme robotique intégrée pour tests cellulaires,
Sécurité microbiologique niveau 2
Microscopes automatisés (objectifs 4x à 60x; chambre d'incubation pour cellules avec contrôle température, CO2 et humidité)
Système IncuCyte pour le suivi de cellules vivantes sur de longues périodes

Taille de la chimiothèque

Chimiothèques académiques ou commerciales, de 640 à 75.000 molécules.

Autres labellisations

Plateforme IBiSA GAP2D: Grenoble Alpes Probes & Drug Discovery platform (en partenariat avec le Département de Chimie Médicinale, UGA Grenoble)

Affiliation

Université Grenoble-Alpes - CEA - INSERM

Personnes associées

Criblage pour des Molécules BioActives

Le rôle du CMBA est de permettre aux laboratoires académiques d'accéder aux outils nécessaires aux approches de génétique chimique.

Les approches de chemogénomique requièrent plusieurs éléments essentiels disponibles au CMBA, dont une collection de composés chimiques, une plateforme de criblage automatisée, un lecteur de microplaques, un microscope automatisé et un système d'information permettant la sauvegarde et l'analyse des données (logiciel « TAMIS »). L'activité de criblage est menée en collaboration avec des porteurs de projet issus de laboratoires académiques. L'activité de service est aussi accessible aux industriels. 

Service et Activité HTS & HCS:
• Analyse du projet et évaluation de la faisabilité 
• Conseils et aide à la miniaturisation. 
• Accès aux locaux aménagés et aux appareils pour mise au point des tests. 
• Accès aux collections de molécules chimiques, dans des conditions cadrées par les accords entre les plates-formes et les fournisseurs de chimiothèques (lorsqu'il s'agit de chimiothèques issues de laboratoires académiques). 
• Assistance dans le choix des collections chimiques à cribler, en fonction des objectifs visés 
• Programmation robotique et optimisation du test 
• Criblage de tout ou partie des collections de molécules chimiques, en microplaques de 96 ou 384 puits. 
• Analyse et sélection des touches (hits). 
• Réalisation du Hit-picking et d'un criblage de validation. 
• Transfert des résultats
La recherche d'analogues structuraux commercialement disponibles se fait par le biais d'experts extérieurs (chimistes) et la synthèse d'analogues structuraux peut s'envisager en collaboration avec le DPM (UGA).

 

Activité HCS/HCA, Profilage phénotypique cellulaire:
Nous avons mis en place les outils nécessaires à la mise en œuvre de cette démarche. Différents tests phénotypiques sur cellules ont été adaptés au format des microplaques 96 puits : ces tests permettent l'analyse du réseau microtubulaire, du cytosquelette d'actine, du réseau mitochondrial, de l'autophagie, de la translocation nucléaire de facteurs de transcription, du trafic de récepteurs membranaires, de la migration (...). Ils  permettent ainsi d'investiguer l'effet des petites molécules chimiques sur certains des constituants essentiels de la cellule.

Logiciel TAMIS

Parallèlement à son activité de criblage, le CMBA développe le logiciel TAMIS pour la gestion et l'analyse des données chimiques et biologiques. Ce logiciel a été développé avec les informaticiens du CEA (EDYP/BIM et GIPSE) et fait régulièrement l'objet d'implémentations auxquelles le CMBA participe. Le CMBA collabore également avec l'équipe du Professeur Robert Nadon (Université McGill, Canada) pour le développement de nouvelles méthodes statistiques d'analyse des données de criblage automatisé, afin de pouvoir notamment détecter les composés faiblement bioactifs.

Brevets / Publications / Communications

Brevets:

1.    Wong YS, Plé S, Attrée I, Barette C, WO201709344_A1 – 19 janvier 2017 “Composés inhibiteurs de Pseudomonas aeruginosa ».

2.    Fauvarque MO, Mortier M, Pillet C, Aguilar C, Soleilhac E, Barette C,  Remusat V, Terme T, Vanelle P., EP16306033.8 – 08 Août 2016 “Heterocyclic napthtoquinones derivatives for use in the treatment of cancers including  Cushing disease”.

3.    Filhol-Cochet O., Cochet C., Giacosa S., Pillet C., Barette C., Soleilhac E. (2015) Brevet Européen N° 15306469.6. « A synthetic lethal drug combination for treating renal cell carcinoma”.

4.    Déclaration d'Invention CNRS en cours. 2014. Wong, Y-S., Plé, S. Barette, C. and Attrée, I. « Composés inhibant l’assemblage de l’injectisome de type III en vue d’abolir le pouvoir pathogène bactérien ».

5.    Conté et al., Inhibitors of sterol metabolism and their use to accumulate TAG in microalgae and methods thereof.  2014. EP20140305111.

6.    Soleilhac E., Lafanechère L., Martinez A., Barette C. Composés de type Phényle Propénamide pour leur utilisation en tant que médicament. 30/05/2013; n°13 54925.

7.    Feige J.J., Castan A., Quelard D., Demeunynck M., Constant J.F., Barette C. Composés anti-angiogéniques, compositions pharmaceutiques les comprenant, et leur utilisation. 31/01/2012 ; n° PCT/IB2012/050452.

8.    Cochet et al. Ellipticine derivatives as new potent inhibitors of protein kinase CK2. 28/07/2009. AD 10996.

9.    Lafanechère L., Nguyen Chi-Hung, Vassal E., Barette C., Rivalle C. Nouveaux composés pyridocarbazoles et leurs utilisations. 20/02/2009 ; FR 09 00786. 

10.  Cochet et al. Protein kinase CK2 inhibitors and their therapeutic applications. 10/10/2006; EP 06 291 576.4   

Publications:

1.    Kobaisi F, Sulpice E, Barette C, Fayyad N, Fauvarque MO, Badran B, Fayyad-Kazan M, Fayyad-Kazan H, Gidrol X, Rachidi W. 2021. Isoconazole and Clemizole Hydrochloride Partially Reverse the Xeroderma Pigmentosum C Phenotype. Int J Mol Sci. Jul 29;22(15):8156. doi: 10.3390/ijms22158156.

2.    Faouzi A., Arnaud A., Bancet A., Barette C., Preto J., Do CV., Jordheim LP., Bousfiha Z., Binh Nguyen TT, Verrière M., Farce A., Fauvarque MO., Barret R. and Lomberget T. 2021. Combretastatin A-4 sulfur-containing heterocyclic derivatives: synthesis, antiproliferative activities and molecular docking studies. European Journal of Medicinal Chemistry. 215:113275.

3.    Giacosa S., Pilet C., Séraudie I., Guyon L., Wallez Y., Roelants C., Battail C., Evrard B., Chalmel F., Barette C., Soleilhac E., Fauvarque MO, Franquet Q., Sarrazin C., Peilleron N., Fiard G., Long JA, Descotes JL, Cochet C. and Filhol O. 2021. Cooperative blockade of CK2 and ATM kinases drives apoptosis in VHL deficient renal carcinoma cells through ROS overproduction. Cancers. 13(3), 576; https://doi.org/10.3390/cancers13030576.

4.    Soleilhac, E., Comte, M., da Costa, A., Barette, C., Picoli, C., Mortier, M., Aubry, L., Mouthon, F., Fauvarque, M.-O. and Charvériat, M. 2021. Quantitative Automated Assays in Living Cells to Screen for Inhibitors of Hemichannel Function. SLAS Discovery. 26(3):420-427. DOI: 10.1177/2472555220954388.

5.    Rioux B., Pinon A., Gamond A., Martin F., Laurent A., Champavier Y., Barette C., Liagre B., Fagnère C., Sol V., Pouget C. 2021. Synthesis and biological evaluation of chalcone-polyamine conjugates as novel vectorized agents in colorectal and prostate cancer chemotherapy. Eur J Med Chem. 222:113586. doi: 10.1016/j.ejmech.2021.113586. Epub 2021 May 28. PMID: 34116328.

6.    Ramirez-Rios, S., Michallet, S., Peris, L., Barette, C., Rabat, C., Feng, Y., Fauvarque, M.O., Andrieux, A., Sadoul, K., and Lafanechere, L. 2020. A New Quantitative Cell-Based Assay Reveals Unexpected Microtubule Stabilizing Activity of Certain Kinase Inhibitors, Clinically Approved or in the Process of Approval. Frontiers in pharmacology. 11, 543.

7.    Senarisoy, M., Barette, C., Lacroix, F., De Bonis, S., Stelter, M., Hans, F., Kleman, J.P., Fauvarque, M.O., and Timmins, J. 2020. Forster Resonance Energy Transfer Based Biosensor for Targeting the hNTH1-YB1 Interface as a Potential Anticancer Drug Target. ACS chemical biology. 15, 990-1003.

8.    Ngo, T.-D., Plé, S., Thomas, A., Barette, C., Fortuné, A., Bouzidi, Y., Fauvarque, M.-O., Freitas, R.P. de, Hilário, F.F., Attrée, I., Wong, Y.-S. and Faudry, E. 2019. Chimeric Protein–Protein Interface Inhibitors Allow Efficient Inhibition of Type III Secretion Machinery and Pseudomonas aeruginosa Virulence. ACS Infectious Diseases. 5(11):1843-1854.

9.    Picoli C., Soleilhac E., Journet A., Barette C., Comte M., Giaume C., Mouthon F., Fauvarque M.-O., Charvériat M. 2019. High-Content Screening Identifies New Inhibitors of Connexin 43 Gap Junctions. Assay Drug Dev Technol. 17(5):240-248.

10.  Soleilhac E., Brillet-Guéguen L., Roussel V., Prudent R., Touquet B., Dass S., Aci-Sèche S., Kasam V., Barette C., Imberty A., Breton V., Vantard M., Horvath D., Botté C., Tardieux I., Roy S., Maréchal E., Lafanechère L. 2018. Specific Targeting of Plant and Apicomplexa Parasite Tubulin through Differential Screening Using In Silico and Assay-Based Approaches. Int J Mol Sci. 19(10). pii: E3085. doi: 10.3390/ijms19103085.

11.  Ouarné M., Bouvard C., Boneva G., Mallet C., Ribeiro J., Desroches-Castan A., Soleilhac E., Tillet E., Peyruchaud O. and Bailly S. 2018. BMP9, but not BMP10, acts as a quiescence factor on tumor growth, vessel normalization and metastasis in a mouse model of breast cancer. J. Exp. & Clin. Canc. Res. 37:209.

12.  Crespo-Yàñez X., Aguilar-Gurrieri C., Jacomin A.-C., Journet A., Mortier M., Taillebourg E., Soleilhac E., Weissenhorn W., Fauvarque M.-O. 2018. CHMP1B is a target of USP8/UBPY regulated by ubiquitin during endocytosis. PLoS Genet.  22;14(6):e1007456.

13.  Conte, M., Lupette, J., Seddiki, K., Meï, C., Dolch, L.-J., Gros, V., Barette, C., Rébeillé, F., Jouhet, J., and Maréchal, E. 2018. Screening for biologically annotated drugs that trigger triacylglycerol accumulation in the diatom Phaeodactylum. Plant Physiology. 177(2):532-552

14.  Cortes, S., Barette, C., Beroud, R., De Waard, M., and Schaack, B. 2018. Functional characterization of cell-free expressed Kv1.3 channel using a voltage-sensitive fluorescent dye. Protein Expr. Purif. 145, 94–99. DOI: 10.1016/j.pep.2018.01.006

15.   Wallez Y., Bouillot S., Soleilhac E., Huber P., Attrée I. & Faudry E. 2018. CLIQ-BID: A method to quantify bacteria-induced damage to eukaryotic cells by automated live imaging of bright nuclei. Scientific Reports. 8:5 | DOI:10.1038/s41598-017-18501-9.

16.  Basso P., Wallet P., Elsen S., Soleilhac E., Henry T., Faudry E., Attrée I. 2017. Multiple Pseudomonas species secrete exolysin-like toxins and provoke Caspase-1-dependent macrophage death. Environ. Microbiol. doi: 10.1111/1462-2920.13841. [Epub ahead of print].

17.  Do C.V., Faouzi A., Barette C., Farce A., Fauvarque M.-O., Colomb E., Catry L., Berthier-Vergnes O., Haftek M., Barret R., Lomberget T. 2015. Synthesis and biological evaluation of thiophene and benzo[b]thiophene analogs of combretastatin A-4 and isocombretastatin A-4: A comparison between the linkage positions of the 3,4,5-trimethoxystyrene unit. Bioorg Med Chem Lett. 26(1):174-80.

18.  Jacomin A.-C., Bescond A., Soleilhac E., Gallet B., Schoehn G., Fauvarque M.-O. and Taillebourg E. 2015. The Deubiquitinating Enzyme UBPY Is Required for Lysosomal Biogenesis and Productive Autophagy in Drosophila. PLoS One. 10(11):e0143078.

19.  Barette C., Soleilhac E., Charavay C., Cochet C. and Fauvarque M.-O. 2015. [Strength and specificity of the CMBA screening platform for bioactive molecules discovery]. Med Sci (Paris). (4):423-31.

20.  Brodin P., DelNery E. and Soleilhac E. 2015. [High content screening in chemical biology: overview and main challenges]. Med Sci (Paris). (2):187-96.

21.  Desroches-Castan A., Quélard D., Demeunynck M., Constant J.F., Dong C, Keramidas M., Coll J.-L., Barette C., Lafanechère L., Feige J.-J. 2015. A new chemical inhibitor of angiogenesis and tumorigenesis that targets the VEGF signaling pathway upstream of Ras. Oncotarget. 6(7):5382-411.

22.  Martinez A., Soleilhac E., Barette C., Prudent R., Gozzi G.-J., Vassal-Stermann E., Pillet C., Di Pietro A., Fauvarque M.-O., Lafanechere L. 2015. Novel synthetic pharmacophores inducing a stabilization of cellular microtubules. Curr Cancer Drug Targets. 5(1):2-13.

23.  Murie C., Barette C., Lafanechere L. and Nadon R. 2014. Improving Detection of Rare Biological Events in High-Throughput Screens.  Journal of Biomolecular Screening. 20(2):230-41.

24.  Murie C., Barette C., Lafanechere L. and Nadon R. 2013. Control-Plate Regression (CPR) Normalization for High-Throughput Screens with Many Active Features.  Journal of Biomolecular Screening. 19(5): 661-671.

25.  Murie C., Barette C., Lafanechère L. and Nadon R. 2013. Single assay-wide variance experimental (SAVE) design for high-throughput screening. Bioinformatics. 29(23): 3067-3072.

26.  Prudent R., Soleilhac E., Barette C., Fauvarque M.-O. and Lafanechère L. 2013. [Phenotypic screens or one stone to kill two birds: discover the target and its pharmacological regulator]. Med Sci (Paris). 29: 897-905.

27.  Boussouar A., Barette, C., Nadon R., Saint-Léger A., Broucqsault N., Ottaviani A., Firozhoussen A., Lu Y., Lafanechère L., Gilson E., Magdinier F. and Ye J.  2013. Acacetin and chrysin, two polyphenolic compounds, alleviate telomeric position effect in human cells. Mol Ther Nucleic Acids. 2: e116.

28.  Prudent R., Vassal-Stermann E., Nguyen C.H., Mollaret M., Viallet J., Castan A., Martinez A., Barette C., Pillet C., Valdameri G., Soleilhac E., Di Pietro A., Feige J.-J., Billaud M., Florent J.-C. and Lafanechère L.  2013. Azaindole derivatives are inhibitors of microtubule dynamics, with anti-cancer and anti-angiogenic activities. Br. J. Pharmacol. 168: 673–685.

29.  Lo E., Soleilhac E., Martinez A., Lafanechère L. and R.  Nadon. 2012. Intensity quantile estimation and mapping – a novel algorithm for the correction of image non-uniformity bias in HCS data. Bioinformatics. 28(20): 2632-2639.

30.  Prudent, R., Vassal-Stermann E., Nguyen C.H., Pillet C., Martinez A., Prunier C., Barette C., Soleilhac E., Filhol O., Beghin, A. Valdameri G., Honore S., Aci-Seche S., Grierson D., Antonipillai J., Li R., Di Pietro A., Dumontet C., Braguer D., Florent J.-C., Knapp S., Bernard O. and Lafanechere L. 2012. Pharmacological inhibition of LIM Kinase stabilizes microtubules and inhibits neoplastic growth. Cancer Research. 72(17): 4429-4439.

31.  Camara, D., Bisanz C., Barette C., Van Daele J., Human E., Barnard B., Van Der Straeten D., Stove C.P., Lambert W.E., Douce R., Maréchal E., Birkholtz L.M., Cesbron-Delauw M.F., Dumas R. and Rébeillé F. 2012. Inhibition of p-aminobenzoate and folate syntheses in plants and apicomplexan parasites by natural product rubreserine. Journal of Biological Chemistry. 287: 22367-22376.

32.  Moucadel V., Prudent R., Sautel C.F., Teillet F., Barette C., Lafanechere L., Receveur-Brechot V. and Cochet C. 2011. Antitumoral activity of allosteric inhibitors of protein kinase CK2. Oncotarget. 2: 997-1010.

33.  Soleilhac, E., Nadon R. and Lafanechere L. 2010. High-content screening for the discovery of pharmacological compounds: Advantages, challenges and potential benefits of recent technological developments. Expert Opin. Drug Discov. 5: 2-10

34.  Lopez-Ramos M., Prudent R., Moucadel V., Sautel C.F., Barette C., Lafanechere L., Mouawad L., Grierson D., Schmidt F., Florent J.C., Filippakopoulos P., Bullock A.N., Knapp S., Reiser J.B., and Cochet C. 2010. New potent dual inhibitors of CK2 and Pim kinases: Discovery and structural insights. FASEB Journal. 24: 3171-3185.

35.  Prudent, R., Moucadel V., Nguyen C.H., Barette C., Schmidt F., Florent J.C., Lafanechère L., Sautel C.F., Duchemin-Pelletier E., Spreux E., Filhol O., Reiser J.B. and Cochet C. 2010. Antitumor activity of pyridocarbazole and benzopyridoindole derivatives that inhibit protein kinase CK2. Cancer Research. 70: 9865-9874.

36.  Hoang, T.M.N., B. Favier, A. Valette, C. Barette, H.N. Chi, L. Lafanechère, D.S. Grierson, S. Dimitrov, and A. Molla. 2009. Benzo[e]pyridoindoles, novel inhibitors of the aurora kinases. Cell Cycle 8:765-772.

37.  Prudent, R., V. Moucadel, M. Lopez-Ramos, S. Aci, B. Laudet, L. Mouawad, C. Barette, J. Einhorn, C. Einhorn, J.N. Denis, G. Bisson, F. Schmidt, S. Roy, L. Lafanechere, J.C. Florent, and C. Cochet. 2008. Expanding the chemical diversity of CK2 inhibitors. Molecular and Cellular Biochemistry 316:71-85.

38.  Prudent, R., V. Moucadel, B. Laudet, C. Barette, L. Lafanechère, B. Hasenknopf, J. Li, S. Bareyt, E. Lacôte, S. Thorimbert, M. Malacria, P. Gouzerh, and C. Cochet. 2008. Identification of Polyoxometalates as Nanomolar Noncompetitive Inhibitors of Protein Kinase CK2. Chemistry and Biology 15:683-692.

39.  Prudent, R., M. Lopez-Ramos, V. Moucadel, C. Barette, D. Grierson, L. Mouawad, J.C. Florent, L. Lafanechère, F. Schmidt, and C. Cochet. 2008. Salicylaldehyde derivatives as new protein kinase CK2 inhibitors. Biochimica et Biophysica Acta - General Subjects 1780:1412-1420.

40.  Laudet, B., C. Barette, V. Dulery, O. Renaudet, P. Dumy, A. Metz, R. Prudent, A. Deshiere, O. Dideberg, O. Filhol, and C. Cochet. 2007. Structure-based design of small peptide inhibitors of protein kinase CK2 subunit interaction. Biochemical Journal 408:363-373.

41.  Fonrose, X., F. Ausseil, E. Soleilhac, V. Masson, B. David, I. Pouny, J.C. Cintrat, B. Rousseau, C. Barette, G. Massiot, and L. Lafanechère. 2007. Parthenolide inhibits tubulin carboxypeptidase activity. Cancer Research 67:3371-3378.

42.  Vassal, E., C. Barette, X. Fonrose, R. Dupont, E. Sans-Soleilhac, and L. Lafanechère. 2006. Miniaturization and validation of a sensitive multiparametric cell-based assay for the concomitant detection of microtubule-destabilizing and microtubule-stabilizing agents. Journal of Biomolecular Screening 11:377-389.